موضوع اصلی دعای دوازدهم صحیفه سجادیه اقرار به گناه، درخواست بازگشتن به سوی خدا، عوامل سلب توفیق از دعا، ویژگی‌های بندگان تائب و خصلت ‌های بهترین بندگان خدا است.